Dit doet ze op basis van onafhankelijk wetenschappelijk onderzoek. Samen met haar opdrachtgevers signaleren ze welk onderzoek nodig is en voeren ze dit uit. Het RIVM geeft advies aan de overheid, professionals en burgers en deelt haar kennis.
Het RIVM is een zelfstandig onderdeel (agentschap) van het ministerie van VWS (Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport). Dit ministerie is eigenaar van het RIVM. En zorgt voor de faciliteiten die ze nodig hebben om het werk te doen. Ook is het ministerie van VWS een van de opdrachtgevers. Toch is het RIVM onafhankelijk bij de uitvoering van opdrachten. De Wet op het RIVM(externe link) beschermt deze onafhankelijkheid.
Het RIVM bestaat uit zeventien specialistische kenniscentra, de Dienst Vaccinvoorziening en Preventieprogramma's en het Projectbureau Nieuwe Huisvesting. Een centrale bedrijfsvoering stelt RIVM’ers in staat hun werk goed te doen. En voor ondersteuning op het gebied van ICT (Informatie- en communicatietechnologie) en informatievoorziening, onderzoeksmethoden en data is er de IV (Informatievoorziening)-organisatie. Het instituut staat onder leiding van een Directieraad. Dit collegiaal bestuur van de organisatie is het hoogste besluitvormingsorgaan van het RIVM.
